L'architecture du Honden est définie par son style Nagare-zukuri (flux) emblématique, caractérisé par un toit courbé asymétrique qui s'étend vers l'avant pour abriter la véranda sacrée. Son toit en écorce de cyprès patinée et ses menuiseries en bois imbriquées témoignent d'un artisanat japonais ancestral conçu pour protéger la triade interne de sanctuaires sans utiliser un seul clou.