Même avec son emplacement élevé unique, le temple Tokudaiji intègre des éléments de jardin japonais traditionnels. Ce puits ou bassin en pierre est recouvert d'un « Yarai-futa (couvercle en bambou) », une manière fonctionnelle et esthétique de protéger l'eau sacrée utilisée pour les rituels de purification. La pagode miniature en pierre et la végétation dense en arrière-plan offrent un contraste naturel rafraîchissant avec le béton et les néons du quartier d'Ueno environnant, offrant aux visiteurs un moment de paix.