วัดนี้ตั้งขึ้นโดยความประสงค์ของพระครูพิษฐอรรถการ หรือ พ่อท่านคล้าย บนที่ดินของผู้ใหญ่กลับ งานพร้อม  ได้ถวายที่ดินผื่นนี้ให้พ่อท่าน เมื่อวันที่ 17 สิงหาคม 2483 มีเนื้อที่ทั้งหมด 46 ไร่เศษ พระครูพิศิษฐ์อรรถการได้สร้างเจดีย์องค์ใหญ่ขึ้นในที่ดินแปลงนี้ เริ่มก่อสร้างเมื่อ 14 มกราคม  2505   ตรงกับวันขึ้น 9  ค่ำ เดือนยี่ ปีฉลู เพื่อบรรจุพระบรมสารีริกธาตุ ที่นายประคอง ช่วยเพ็ชร ถวายมาจากกว๊านพะเยา (ปัจจุบันเป็นจังหวัดพะเยา) โดยยึดรูปแบบมาจากวัดพระมหาธาตุทั้งหมด ทุนรอนในการก่อสร้างได้มาจาก พ่อค้า คหบดี ข้าราชการ และประชาชน ฝ่ายสงฆ์มีพระใบฏีกาครื้น โสภโณ เจ้าอาวาสวัดจันดีในสมัยนั้น เป็นผู้อำนวยการสร้าง ฝ่ายฆราวาสมี พล.ต.ต.ขุนพันธรักษ์ ราชเดช เป็นประธาน พระเจดีย์องค์นี้มีฐานเป็นรูปสี่เหลี่ยมจัตุรัส กว้างด้านละ 27 เมตร สูง 70 เมตร การก่อสร้างสำเร็จในปี พ.ศ. 2513 องค์พระเจดีย์ มองเห็นเด่นแต่ไกล ถ้านั่งรถไฟเข้าสู่กรุงเทพมหานคร ก่อนขบวนรถจะถึงสถานีคลองจันดี จะมองเห็นพระเจดีย์อยู่ทางซ้ายมือ 

ภายในแบ่งออกเป็น 4 เขต ดังนี้

- เขตพุทธาวาส มีพระเจดีย์ อุโบสถ พระพุทธไสยาสน์

- เขตธรรมาวาส เละสังฆาวาส มีสถานที่ปฎิบัติธรรม และกุฎิที่อยู่พระสงฆ์

- เขตบำเพ็ญประโยชน์ มีโรงเรียนพึ่งตนเอง

- เขตสาธารณะประโยชน์ มีห้องให้เช่าอาศัย 10 ห้อง

ปัจจุบันวัดนี้จัดได้ว่าเป็นสถานที่ท่องเที่ยว เพื่อนมัสการพ่อท่านคล้ายวาจาสิทธิ์, พระเจดีย์, พระพุทธไสยาสน์, รอยพระพุทธบาท, พระกัจจายนะ และ พระกวนอิมโพธิสัตว์ เป็นต้น